Školski dan u Ruđeru započinje u 8.45. Dan je podeljen na dva bloka: u prvom, prepodnevnom bloku realizuje se redovna nastava, posle čega slede ručak i odmor.

U nižim razredima osnovne škole, učenici pohađaju nastavu veština,  mentorsku nastavu po nastavnim predmetima (izrada domaćih zadataka, provežbavanje učenog uz stručnu podršku nastavnika) ili neke od kreativnih aktivnosti koje se realizuju u okviru sekcija iz oblasti, nauke ili sporta. Po potrebi, za učenike se organizuje individualni rad sa nastavnikom. Realizacija svih oblika nastave je potkrepljena brojnim posetama kulturnim i naučnim institucijama.

U višim razredima gimnazije, redovna nastava se održava do poslednjeg termina kada učenici imaju priliku da poslednji čas iskoriste na konsultacijama, učeći u biblioteci ili učestvovanjem u radu neke od sekcija.

Završetak nastave u obe škole je ponedeljkom, utorkom, sredom i četvrtkom u 15.45, a petkom u 14.55.